נין להגיע לאי נאקסוס גם בטיסה מאתונה, בקיץ יש לכם סביב ה 3-4 טיסות מדי יום, בשאר ימות השנה לרוב יש טיסה אחת מאתונה לנאקסוס, את הטיסות תוכלו להזמין מכל אתר שאתם רגילים להזמין ממנו טיסות, עדיין שימו לב שהדרך הכי נוחה ומולצת להגעה לאי פארוס היא בהפלגה מאתונה מראפינה או ממיקונוס, לרוב מי שמתשמש בטיסות הללו הם תושבי האי שצריכים להגיע לאתונה לסידורים חשובים, מי שבחופשה יכול לקחת את ההפלגות, הן גם זולות משמעותית לרוב מהטיסות לאי נאקסוס.
אם בכל זאת בחרתם להגיע לאי נאקסוס בטיסה : שימו לב שנמל התעופה מצוי בין העיר חורה לאגיוס פרוקופיוס מרחק של כ 15 דקות נסיעה, נמל התעופה מאד קטן ואין בו את שלל השרותים המקצועיים הקיימים בנמלי תעופה אחרים מלבד סניף קטן של השכרת רכב.